רופא, סקרן, גאון ואוטודידקט.
נולד ברוסיה למשפחה ציונית, מחלוצות תחיית השפה העברית. עמנואל הוסמך כרופא באוניברסיטת מוסקבה. בשנת 1921 כאשר הרוסים מצאו את רשימת הציונים שבראשם עמד אביו, שמעון יחיאל וליקובסקי, עזר להוריו לצאת מרוסיה ולעלות ארצה, אך הוא נשאר כדי לערוך ולהוציא לפועל את המפעל אותו יזם – "כתבי האוניברסיטה" – בימה מדעית עבור מדענים ואנשי מחקר יהודים מרחבי העולם, לקראת פתיחת האוניברסיטה העברית בירושלים.
ב- 1924 נשא לאשה את אלישבע קרמר, ויחד עלו ארצה. שם עסק ברפואה בחיפה.
לאחר שהשתלם אצל שטקל, תלמידו של פרויד, בפסיכואנליזה שימש משנת 1931 כאחד הפסיכואנליטיקאים הראשונים בתל אביב. אותה עת פירסם מספר מאמרים בעתון "הרפואה", ואף מספר מאמרים בעיתונו של פרויד – "אימגו".
בקיץ 1939 נסע עם משפחתו לארה"ב, כדי לחקור את דמויותיו של פרויד (אדיפוס, אחנאתון ומשה).
לאחר שהגיע להבנה שיציאת מצרים התרחשה בעיצומם של תהפוכות טבע, וכי תהפוכות טבע אלה יכולות לשמש נקודת סינכרון בין תולדות ישראל לקורות מצרים, הגיע גם למסקנה שהן היו כלל עולמיות, ואז במשך עשר שנים המשיך לחקור בספריות הן את נושא תהפוכות הטבע, והן את נושא הסינכרון ההיסטורי . התוצאה היתה – Worlds in Collision, 1950; Ages in Chaos, 1952.
ב"עולמות מתנגשים" הציג וליקובסקי עדויות ממסורות-עם מרחבי העולם, המאשרות את התרחשותם של זעזועי הטבע, וב"תקופות בתוהו" – הציע תיארוך חלופי לכרונולוגיה המצרית, כשהוא מספק פתרון אחד לבעיות רבות בכרונולוגיה של העולם העתיק, ומזהה התאמה עם המסופר בתנ"ך.
וליקובסקי שילב במחקריו ידע מעמיק בתחומים מגוונים: היסטוריה, גיאולוגיה, אסטרונומיה, תנ"ך, פיזיקה, פסיכולוגיה ואנתרופולוגיה. הוא לא היה פונדמנטליסט, אך ציין שהגילוי כי התנ"ך הוא "היסטוריה שנכתבה בקפדנות" הסב לו סיפוק.
הספר "עולמות מתנגשים" עורר התנגדות בממסד המדעי בלהט השמור רק לפרדיגמות חדשות. האיש וספריו הוחרמו, ורק לאחר שהחלו להגיע לתחזיותיו אישורים מחקר החלל, הוזמן להרצאות ולסימפוזיונים באוניברסיטות ובמכוני מחקר מובילים רבים. שיטתו של וליקובסקי ממשיכה ומתפתחת בכיוונים שונים ע"י חוקרים ברחבי העולם, בארה"ב ובאנגליה התפרסמו וממשיכים להתפרסם כתבי-עת העוסקים בתיאוריות של וליקובסקי, ואף נערכים כנסים בנושאי מחקריו.
ספריו ומחקריו המשיכו להעסיק אותו עד יומו האחרון, כפי שכתב לידידו, זליג ריבקינד , חבר קיבוץ עין-חרוד:
”המון עבודה עדיין לפני. שער לעצמך שערמות בשדה גדלו פי חמש ומחכות שיאספו אותן, והפרות התרבו ויש לחלוב פי עשר, והגפנים מחכות לבציר באשכולות כבדים מאוד, והערב מתקרב. זה מצבי. רק חלק ממחקרי סיימתי בצורת ספרים מודפסים, ופי כמה מחכים לתורם. מזמן שחזרתי מהארץ מביקורי האחרון עוד מעט וימלאו חמש שנים – ובמשך הזמן הזה רק ספר אחד הוספתי לשלושה שהדפסתי קודם.“
כשם שהתכתב עם מדענים מפורסמים בעניני מחקריו, כתב גם מכתבים רבים לעזור לאנשים פשוטים, לילדי שכניו לשעבר, ומאות מכתבים לנכדיו בארץ.
קטע מראיון בתוכנית טלוויזיה ב1964. וליקובסקי התראיין לאחר שהגיעו ממצאים ראשונים מחקר החלל, מחללית מרינר 3 אשר הגיעה לאטמוספרה של נוגה. ממצאים אלו אימתו באופן מרעיש את התחזיות הנועזות אותן פירט בספריו, ואשר עמדו בסתירה למקובלות המדעיות עד אז.